La chiesa di San Francesco fu fondata nel 1228, due anni dopo la morte del santo.

La sua ampia architettura è strutturata su tre livelli:

• la cripta, costruita per accogliere il corpo del santo.
• la Chiesa Inferiore, a croce latina, adibita alle funzioni religiose dei frati francescani.
• la Chiesa Superiore, grandiosa aula gotica destinata ad accogliere i pellegrini e a diventare sede delle celebrazioni solenni.

Proprio nella Chiesa Superiore Giotto affrescò uno dei cicli pittorici più famosi: 28 dipinti che riportano le scene più suggestive della vita di San Francesco.

Il sogno di Innocenzo III
Questa scena rappresenta Innocenzo III addormentato, che sogna la Basilica lateranense prossima alla rovina, la quale è sostenuta da un povero (San Francesco) che la sostiene sulle sue spalle per non farla cadere.
La figura del santo è raffigurata in un atteggiamento dignitoso e nobile, quasi privo di spiritualità. La spiegazione è da trovarsi nel committente dell'opera, papa Innocenzo IV, il quale era fedele alla politica "conventuale".

Il Presepe di Graccio
Lo scomparto raffigura "come San Francesco, in memoria del Natale, ordinò che si rappresentasse il Presepe, che si portasse il fieno, che si conducessero il bue e l'asino; e predicò sulla nascita del Re povero; e, mentre Francesco teneva in mano l'effige, un cavaliere vide al posto di quella Il Bambino Gesù".
L'episodio è ambientato nella chiesa del castello di Graccio.
Il fatto miracoloso è situato nel presbiterio della chiesa che era diviso dalla navata dall'iconostasi, che le donne non potevano oltrepassare.
La profondità della scena è sottolineata dal pulpito e soprattutto dal crocifisso che si sporge verso la navata vista da dietro. Il miracolo della fonte In questa raffigurazione vediamo San Francesco che sale sul monte Averna accompagnato da un contadino che ad un certo punto ha una gran sete; allora San Francesco fa sgorgare dell'acqua da una roccia.
Le rocce sono collocate in profondità secondo una scansione di piani che asseconda la disposizione dei personaggi ordinati sulla base della loro partecipazione al miracolo. Il gruppo con i due frati e l'asinello costituisce un'unica entità caratterizzata dall'inconsapevolezza verso ciò che sta accadendo. Su un masso rialzato si trova l'assetato, che sembra quasi uscire dalla pietra stessa come un altorilievo scultoreo. Il ruolo determinante di San Francesco è accentuato dalla sua posizione più arretrata in profondità e più alta.
La testa si staglia nel fondo azzurro del cielo , ponendosi nel punto da cui si diramano le due punte rocciose. Il gesto del santo si prolunga idealmente nella forma della montagna alle sue spalle e si allunga in altezza nella simbolica allusione a Dio.
La composizione è bilanciata attorno alla figura di San Francesco,punto d'incontro delle diagonali del dipinto.